Вопрос о происхождении Байкала привлекал и продолжает привлекать внимание многих ученых. В настоящее время большинство геологов склонны считать, что возраст озера около 30 000 000 лет. Его формирование началось на рубеже палеогена и неогена на территории, представляющей относительно выровненный участок суши (типа крупнохолмистой равнины). В это время образуются небольшие прогибы, которые заполняются водой, в результате чего возникает несколько сравнительно мелководных озер. Предполагается, что развитие впадины Байкала в неогене (промежуток времени около 25 000 000 лет) шло сравнительно медленно. К концу неогена озеро занимало современные южную и среднюю части Байкала, а также часть северной.
Наиболее интенсивно процесс формирования впадины Байкала идет в конце плиоцена и в четвертичном периоде (антропогене). За это время возникло горное обрамление озера, произошло объединение отдельных котловин в одну впадину, значительно увеличились ее глубины.
Формирование впадины Байкала продолжается и в настоящее время, о чем свидетельствуют частые землетрясения, эпицентры которых расположены под озером. Многие из сейсмотектонических нарушений возникли сравнительно недавно, так, например, залив Провал площадью около 200 кв.км образовался в период землетрясения в январе 1862 г.
В настоящее время впадина оз. Байкал в морфологическом отношении представляет три самостоятельных котловины — Южную, Среднюю и Северную.
Южная котловина простирается от самой южной оконечности озера до дельты р. Селенги. В районе дельты р. Селенги дно намного выше прилежащих участков (Селенгинская перемычка).
Средняя котловина расположена между р. Селенгой и архипелагом Ушканьих островов. Морфологически она замыкается с северной стороны значительным повышением дна, линейно вытянутым от о. Ольхон до Ушканьих островов. Возвышенность получила название Академический хребет. Максимальная глубина котловины достигает 1620 м.
Северная котловина простирается от Ушканьих островов до северного конца озера и является самой мелкой. Ее наибольшая глубина — 889 м.
Впадина Байкала асимметрична. Западная сторона имеет очень крутой склон, восточная — более пологий. Отличаются противоположные склоны и формами рельефа. На западной стороне очень слабо развита мелководная платформа (шельф), на восточной она имеет гораздо большее развитие.
Глубоководная часть склонов также различается по своей морфологии. Вдоль западного борта склон сравнительно мало расчленен и не имеет крупных форм подводного рельефа (за исключением крайней северо-западной части). Рельеф склона восточного берега сложнее. Здесь отмечены подводные долины типа каньонов.
Дно Байкала во всех трех котловинах выравнено, со слабым наклоном к западной стороне впадины, поэтому к ней и тяготеют максимальные глубины озера.
